NKSPS atvira visiems asmens sveikatos priežiūros specialistams, tereikia užsiregistruoti svetainėje nksps.lt. Taip pat sistemos funkcijomis galima naudotis per integraciją su kitomis ligoninių informacinėmis sistemomis arba prisijungus prie centrinės sistemos ESPBI IS.
Asmens sveikatos priežiūros specialistas gali registruotis sistemoje ir prisijungęs naudotis teikiamais NKSPS funkcionalumais.
Asmens sveikatos priežiūros specialistas ar įstaiga norėdami NKSPS Diagnostikos ir nukreipimo gauti rekomendacijas gydymo parinkimui posistemėje paviešinti savo naudojamus (arba sukurtus) gydymo ir/arba pacientų nukreipimo tolimesniam gydymui algoritmus turi juos suvesti NKSPS sistemoje, pateikti prašymą NKSPS tvarkytojui VšĮ Vilniaus universiteto ligoninės Santariškių klinikoms (toliau – Tvarkytojas), kad algoritmai būtų aprobuoti. Sudaryta komisija iš Tvarkytojo bei NKSPS valdytojo – Sveikatos apsaugos ministerijos (toliau – Valdytojas) atstovų sprendžia dėl pateikto algoritmo aprobavimo ir tolimesnio naudojimo NKSPS.
Asmens sveikatos priežiūros specialistas pateikęs prašymą Valdytojui arba Tvarkytojui gali NKSPS portale patalpinti informacijos rinkinius, tinkamiausiai aprašančius NKSPS analizuojamus atvejus. Taip pat gali peržiūrėti kitų asmens sveikatos priežiūros specialistų patalpintus informacijos rinkinius.